文章标题:
LncRNAs expression profile in peripheral blood mononuclear cells from multiple sclerosis patients
Chiara Fenoglio, Emanuela Oldoni, Maria Serpente, Milena A.De Riz,Marina Arcaro, Marianna D'Anca, Anna M.Pietroboni, Alberto Calvi, Elisabetta Lecchi, An Goris, Klara Mallants, Bénédicte Dubois, Cristoforo Comi, Roberto Cantello, Elio Scarpini, Daniela Galimberti
Journal of Neuroimmunology(IF=2)
DOI: https://doi.org/10.1016/j.jneuroim.2018.08.008
研究背景:利用LncRNA PCR芯片研究从多发性硬化症患者(MC)外周血单核细胞(PBMC)中分离出的lncRNA的作用。与对照相比,MS患者中lncRNA水平显著失调,说明LncRNA可能作为检测疾病易感性和进展的生物标志物。
方法样本特征如表1所示,利用人LncProfiler qPCR array检测样品中与通路相关或疾病相关的90个lncRNA,并验证NFATc基因(NRON的靶基因)的表达水平。
表1.种群特征。RR=复发-缓解;PP=主要进展;EDSS=扩大残疾状况量表。
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结果1 实验分析
lncRNA表达谱分析显示,与对照组相比,整个MS人群普遍存在失调(图1B),并且根据疾病亚型分层后也存在这种失调(图1B-1C)。对检测的90个lncRNA中差异显著的12个进行下一步研究验证。
2 验证分析
随后在意大利整个队列验证结果(表1)中,与对照相比,MS患者中12个lncRNA中的10个显着下调(图2A和B)。特别是,与对照组相比,MS患者的malat-1、nron和meg-9明显下调,而在RR-MS患者中,anril、tug1、xist和sox2ot也明显下调。最后,与对照组比较gomafu、hulc和bace-1as在RR-MS和PP-MS I患者中均表现出强烈的下调。检测lncrna表达水平与疾病持续时间和EDSS评分等临床变量之间的相关性。Anril和Tug1与EDSS表达的残疾相关(图3和4),而NRON显示与疾病持续时间相关(图4)。
3 重复分析
在通过验证分析的lncRNA中,使用不同的技术,数字dro-plet PCR(ddPCR)对比利时组中NRON,TUG1和GOMAFU进行了独立重复试验(表1)。证实与对照相比,NRON和TUG1在MS患者中的水平较低。特别是,TUG1在RR和PP中均失调。相比之下,GOMAFU的重复研究失败,尽管与对照组相比,MS病例中出现了表达水平下调的趋势(图5)。
尽管发现NRON水平与疾病持续时间呈正相关趋势,但EDSS评分与lncRNA表达水平之间的相关性未能得到验证(图6)。
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图1.(A)人LncProfiler qPCR阵列(SBI)的方案。(B)来自人lncProfiler阵列的LncRNA表达水平。每个条形代表lncRNA,顺序按照图1A中的表。A)MS患者与对照组B)RRMS患者与对照组C)PPMS患者与对照。
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图2.A-L小组:验证分析。在意大利队列中,通过RT-PCR获得的lncRNAs表达水平是相对的,以相对定量的形式表达。
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图3.验证队列中lncRNA水平与扩展残疾状态量表(EDSS)之间的相关性。
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图4.验证组中NRON水平与疾病持续时间之间的相关性
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图5.复制分析。 在比利时群组中,通过ddPCR获得的LncRNA表达水平是相对的并且表示为相对定量(RQ)并且根据疾病形式分层。
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图6.复制组中NRON水平与疾病持续时间之间的相关性。
结果总结
MS患者lncRNA表达谱的研究,支持lncRNA表达水平失调可能与MS发病机制有关的假设。因此,lncRNA分析可能代表了易于检测疾病易感性和进展的生物标志物的研究中的新挑战。但仍需要进一步的研究来更好地阐明lncRNA标记在临床实践中的作用。