高通量PCR芯片揭示了Epstein-Barr病毒转录的意外模式,用于病毒mRNA的绝对定量
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作者:wcgene
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发布时间: 2020-03-13
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2小时,BZLF转录本的数量明显增加,尽管第二个IE RNA BRLF1的水平低得多并且在整个时间过程中保持如此。BZLF1是诱导后4小时最丰富的转录本。在此时间点也检测到几种E RNA,其中BHRF1,BMLF1,BMRF1,BNLF2A和BNLF2B是最丰富的。除BNLF2A和BNLF2B外,E基因表达通常持续升高至诱导后12小时,然后下降。相比之下,L基因表达通常在诱导后24小时达到峰值。虽然LF1和LF2的水平在诱导后12小时达到峰值,与E基因表达一致,但LF3仅在24小时达到最大水平。
诱导后24小时潜伏基因转录增加也很明显,最明显的是LMP1,EBNA2和LMP2A(图2,图3)。最丰富的这些LMP1仍然比最丰富的裂解转录本BVRF2低约30倍。由于裂解循环Fp启动子的激活,EBNA1转录本在裂解循环诱导后也增加(图3)。编码EBNA1的UK-和FUK-剪接的转录本的水平仍然非常低,并且仅代表总Fp-起始转录的约10%(FU测定,图3)。

图2.在裂解周期诱导期间EBV转录本的绝对定量。个体潜伏,即刻早期(IE),早期(E),晚期(L)和非编码转录本的水平。
图3.裂解周期诱导期间EBV转录变化的动力学研究。
原发性B细胞感染期间EBV转录本的绝对定量
接下来更全面地表征和量化EBV驱动的体外原代静息B细胞转化过程中潜伏和裂解病毒转录本的绝对水平。分离CD19阳性B细胞并用MOI为100的2089重组EBV毒株感染,并在多个时间点收获细胞以分离RNA和定量病毒基因转录本。
感染后第1天,Wp启动的和EBNA2特异性转录本的水平已经超过60,000转录本/ ng RNA(图4A),其中还存在较低水平的Y2-HF剪接的潜在BHRF1转录本。这些Wp启动的EBNA2和BHRF1转录本的初始水平分别比感染后3个月内测试的3个早期传代LCL中的平均水平高约18倍和3倍(图4A和B)。Cp启动的EBNA转录本与UK-剪接的EBNA1和EBNA3A转录本一起在感染后第1天也可检测到,但是水平低得多(图4A)。
到感染后第2天,Wp活性和EBNA2转录水平开始下降,而Cp启动的转录物增加,LMP1现在可检测到。在剩余的时间过程中,Wp活性和EBNA2和BHRF1转录水平继续下降,而Cp启动的转录物保持不变。到第